Después de googlear un poco (por no decir bastante), he encontrado una solución sencilla para modificar la distribución de teclado para el entorno gráfico, lo único que tenemos que hacer es modificar o añadir (en el caso de que no existan) las siguientes lineas en /etc/X11/xorg.conf
# vi /etc/X11/xorg.conf

Si ya existiera esta sección, lo único que tenemos que hacer es modificar las entradas, tal y como aparecen a continuaicón.

Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "CoreKeyboard"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "es"
EndSection

Una vez realizados los cambios, reiniciamos gdm y comprobamos que los simbolos que escribimos se muestran correctamente.
# /etc/init.d/gdm restart

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